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PPI分子网络构建,你一定要学会的string数据库

解螺旋  · 公众号  · 医学  · 2020-05-23 13:36
如果有几十个基因或是蛋白,我想制作一个它们间的互作网络图,是不是特别难?我们这种菜鸟级别的,是不是做不了。答案是否定的,现在主流使用R语言来做,但也有很多在线网站可以完成简单这样的分析,今天就给大家介绍一款比较不错的——String数据库。String是蛋白互作数据库,是Search Tool for the Retrieval of Interaction Gene/Proteins的缩写,该数据库中收录了已知和预测的蛋白质/基因间的相互作用关系,十分全面, 同时由于其中收录了预测成分,往往也造成最后的结果假阳性高。考虑到这一点,数据库设置有许多筛选标准,大家可根据自身需求选择。下面我们以BCAR1为例, 详细为大家展示一下如何利用该数据库制作PPI互作网络图。一、首先打开String数据库(http://string ………………………………

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