Nat. Mach. Intell. | 小分子串联质谱谱图的预测

大家好，今天给大家分享一篇nature machine intelligence上的文章Tandem mass spectrum prediction for small molecules using graph transformers，本文通讯作者是来自多伦多大学的Bo Wang教授与Hannes Röst教授。其研究方向分别为机器学习、计算生物学、计算机视觉、用计算方法理解质谱数据等。对于大部分分子，我们无法准确预测其在质谱仪中的碎裂模式。虽然理论上通过理论物理可以预测，但计算太过缓慢无法高通量进行，并且需要进行降低预测准确度的近似处理。从MS/MS数据中识别出化合物是代谢组学中一个重要问题，通常需要从大量参考库中通过相似性搜索出匹配的化合物，但现有的库中化合物太少，远远无法包含人类代谢物。一个可行的办法是同时匹配计算预测的谱图，以提高覆盖度。本文中发展了以图transformer为基础的算法MassFormer来预测化合物的二级谱图。MassForme ………………………………