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gromacs使用额外水模型

生信杂谈  · 公众号  ·  · 2018-05-07 19:47
在我们MD中我们有时候很少进行水模型的选择,很多时候我们对于不要求精确的体系使用 spc水模型,对于相对要求精确的模型一般使用 tip3p模型,对于离子或者小分子的研究有时候使用 tip4p的模型,这些在gromacs中都是含有的,但是水模型一直在发展,不同的体系可能对于水模型有较大的变化,具体可以查看水模型的综述页面。例如核酸中用的较多的除了 tip4p-eW水模型以外还有 OPC水模型,但是该水模型并未在gromacs中自带,所以需要自己构建,以下简单介绍方法:关于OPC水模型简化的经典水模型是实际原子模拟中不可缺少的组成部分。然而,尽管经过几十年的深入研究,这些模型还远未完善。我们开发了一种新的方法来构建广泛使用的点电荷水模型,这与主流水模型 ………………………………

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