使用Biopython批量运行EMBOSS的needle

最近有一个需求，计算250条序列两两之间的相似度，之后根据相似度继续进行序列过滤，即A和B如果相似度高于一个阈值，那么就把B去掉。我最初想到的就是在Python里面调用EMBOSS的needle，准备使用Python的os或者subprocess模块，但是突然想到之前看WGDI源代码时，发现作者时通过biopython的API进行MAFFT的调用，于是就决定改用Biopython.通过查找文档，我找到了Biopython对这部分内容的介绍，见 http://biopython.org/DIST/docs/tutorial/Tutorial.html#sec97,示例代码如下from Bio.Emboss.Applications import NeedleCommandlineneedle_cline = NeedleCommandline(asequence="alpha.faa",                                  bsequence="beta.faa",                                  gapopen=10, gapextend=0.5,       ………………………………