GEO数据做生存分析

大家好，针对目前大家在社区上提的问题。小编今日又一次以小白的身份完成了从下载GEO数据到批量运行生存分析。过程中踩了很多坑，这里先向团队的码农，扔两箱炸弹。然后小编带着大家走一遍生存分析。一、数据下载打开GEO，选择GSE17538 数据，然后下载MINiML。二、格式转化然后导入GEO_Convert.exe 工具。导出样本信息数据和数据矩阵。三、格式修改（可以防止踩大坑）利用excel打开样本信息文本。坑1：建议将将要用到的时间列和状态列名字改短。否则在工具中打不开。overall_event、overall survival follow-up time。坑2：GEO的数据中一般是利用0代表 生存，1代表死亡。但是有些数据不是这样的，所以这里需要对death和no death 进行替换。否则会报错。坑3：最大的坑就是某 ………………………………