汇总 | 转录本表达矩阵 到 基因表达矩阵

写在前面前天，我写了一个 TBtools 插件，意在让所有人都能自主分析转录组测序数据，进而获得 基因表达量矩阵（TPM） 和 基因读段计数矩阵（Count）。已经提过了，TPM 就直接可用，而 Count 矩阵本身可以在网络上找到各类差异表达基因分析平台，上传矩阵就可以做各种差异表达分析。不过很多人可能还是没意识到，前述的 Kallisto 插件或者流程出来的结果，其实是 转录本水平的表达矩阵 而不是 基因表达矩阵。基于 Kallisto 的算法实现，我们不应该只分析基因的某个或者某几个代表转录本，因为这样可能会影响 Kmer Counts 的正确计算。而事实上，不少人关注的还是基因水平，而不是转录本水平（取决于实验设计，精度，深度云云）。于是 ，我又写了一个小功能，可以用于汇总 转录本表达矩阵 为 基因表达矩阵 。Trans Value Sum想不到一个合适的名字， ………………………………