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单细胞Scissor分析--进阶优化篇

i生信  · 公众号  ·  · 2024-05-02 07:00
经过前文和前前文还有前前前文(详情见推荐阅读链接),总算跑出来了,感天动地。我飘了,我真的飘了,居然开始吹毛求疵了(bushi)。如图示例结果(此处使用官方手册提供的肺腺癌示例数据进行展示),尽管细胞数不明显,但仍然可以看到不少Scissor+细胞展示混杂在灰色背景细胞中,我们最关注的是Scissor+细胞群,这样的结果似乎不够一目了然呢。Scissor+和Scissor-细胞UMAP图(未调整版)所以,我们希望把重点关注的细胞放到最上层,就在Dimplot绘图时增加了order排序参数。好消息,scissor+提到最上层了;坏消息,颜色不对头。很明显,下面这个图scissor-显示为红色,这和我们的常规颜色默认不相符啊。Scissor+和Scissor-细胞UMAP图(调整失败版)好吧接着改,不光增加order排序,同时考虑颜色的顺序。终于,成功了哈哈哈,小编表示开心,奖励自己个 ………………………………

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