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专栏名称: 挑圈联靠
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不夸张!学会这个数据库,20分钟复现一篇lncRNA经典生信套路!申请基金硕博课题都能用上!(附详细操作步骤)

挑圈联靠  · 公众号  ·  · 2021-05-05 12:42
2分+纯生信文章触手可及!!!题目:LncRNA SNHG9 is a prognostic biomarker and correlated with immune infiltrates in prostate cancer期刊简介材料与方法 第一部分 患者数据收集情况 从TCGA数据库中获取495个患者样本的表达矩阵(数据格式为FPKM)和临床数据,其中52个为配对样本。作者将样本由FPKM格式转化为TPM格式;FPKM和TPM格式都有人在用,且高分文章都有涉及,本文选择TPM格式。此外,作者从UCSC网站(https://xenabrowser.net/datapages/)下载了包含GTEx(正常样本)的TPM格式的RNA-seq数据。一共52(癌旁)+495(肿瘤)+ GTEx(正常样本)纳入本研究。注:不同版本的TCGA数据,有可能获取的患者的样本例数不一致,因为TCGA数据库一直处于更新过程中。所以看到生信文章中TCGA里同一个癌种的患者样本数不一致 ………………………………

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