非靶代谢组学数据预处理XCMS+IPO

质谱可以用来测量样品中带电分子(离子)的丰度（即一个特定的质荷比 m/z的离子计数）。但是，当许多离子具有相同或非常相似的 m/z，光凭借质谱是很难或不可能进行区分的。因此，MS 经常与其他分离技术相结合，基于除 m/z以外的其他性质来分离分析物。比如与气相色谱法(GC)或液相色谱(LC)联用。这些使用LC/GC-MS联用产生的数据，需要经过一系列的预处理，才能得到一个定量的表格数据。开源软件中，XCMS是LC-MS数据前处理引用率最高的软件，在GC-MS中也很常用（第2）。但是由于数据的复杂性，一般来说，XCMS的默认参数通常都不是最优参数。因此，需要根据数据情况进行手动查看数据，来调整参数，又或者使用IPO这个R包来根据数据集情况对参数进行调优。IPO(Isotopologue Pa ………………………………