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Seurat Weekly NO.3||定制可视化

生信菜鸟团  · 公众号  · 生物  · 2020-11-26 20:40
天子呼来不上船,自称臣是菜鸟团在这里,和国际同行一起学习单细胞数据分析。很多CNS文章的fig1(寓指tsne/umap图谱),打眼一看就是Seurat出的。Seurat 确实用ggplot2 包装了大量的可视化函数。但是在文章的后面,特别是用到统计信息的时候,Seurat的默认参数就不能直接用了。这就到了考验基本功的时候,有的需要朝里看源码,有的需要朝外包装Seurat。本期的Seurat Weekly,你们家运来小哥哥就带大家看看扩展Seurat可视化函数的思路。每个图都反映了一种特定的思路,我们来一一解说。载入R包和我们的老朋友pbmc3k.final。library(Seurat)library(SeuratData)library(ggforce)library(ggpubr)pbmc3k.finalAn object of class Seurat 13714 features across 2638 samples within 1 assay Active assay: RNA (13714 features) 2 dimensional redu ………………………………

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