专栏名称: 生信媛
生信媛,从1人分享,到8人同行。坚持分享生信入门方法与课程,持续记录生信相关的分析pipeline, python和R在生物信息学中的利用。内容涵盖服务器使用、基因组转录组分析以及群体遗传。
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我在igv.js的基础上弄了一个小工具

生信媛  · 公众号  · 生物  · 2020-11-03 16:49
当我想查看软件运行结束后得到的BAM, BigWig, BED和GTF文件时,我都需要先把他们下载到本地,然后用IGV打开。每每这个时候,我就会非常痛苦,因为我懒得下载。我希望这些文件就在服务器上留着,然后我只需要通过一个网页浏览器,直接访问网页上的资源,省时又省力。为了解决这个问题,我根据igv.js 写了一个Python脚本,它的功能非常的简单,就是根据你提供的参考基因组序列,GTF文件,BAM文件,BigWig文件,将这些信息记录在一个html中,然后保存成一个 index.html.之后,我们通过 node.js 或者 Python的网页服务器打开一个端口,直接在网页上进行查看。(CentOS由于安全设置,可能需要额外打开端口)代码地址: https://github.com/xuzhougeng/myscripts/blob/master/igv_web.py可以下面这行代 ………………………………

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