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专栏名称: 生信媛
生信媛,从1人分享,到8人同行。坚持分享生信入门方法与课程,持续记录生信相关的分析pipeline, python和R在生物信息学中的利用。内容涵盖服务器使用、基因组转录组分析以及群体遗传。
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高质量番茄参考基因组为番茄基因组学和复杂性状形成机制研究提供了新的契机

生信媛  · 公众号  · 生物  · 2021-05-08 10:33
番茄(Solanum lycopersicum)是设施栽培的主要蔬菜作物,也是我国栽培面积最大、产量最多的果蔬作物之一。据FAO统计,2019年我国番茄年产量达6-7千万吨,约占全世界总产量34%。2012年国内外科学家联合攻关发布了番茄基因组草图,虽然几经更新,但是众多研究发现,参考基因组的不完整性和片段化仍然阻碍着番茄功能基因鉴定等生物学研究。破译更完整的番茄基因组图谱并解码基因信息是实现基因功能研究的重要前提。中国农业大学园艺学院林涛研究组利用多种新测序技术和优化的组装算法,获得了精准度高、序列完整的Heinz 1706番茄参考基因组新序列图谱SLT1.0,该基因组大小为799.09Mb,其中ContigN50达到20 Mb,约98.94%的组装序列成功挂载到12条染色体上,共预测34000多个可 ………………………………

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