生信小工具之：Bedtk

这次推文继续和大家分享近期一些实用的生信小工具。今天给大家带来的是Heng Li大神，最新写的一款小工具Bedtk。工具介绍Bedtk是一组用于处理BED文件的简单工具。到目前为止，它可以用于实现intersection, subtraction, sorting, merging and computing the coverage等一系列的功能。简单来说Bedtk就是一款精简版的bedtools。但是相对于bedtools，它更专注于性能。相比之下Bedtk的速度要快几到几十倍，并且占用的内存很少。它还提供了一些方便的功能。例如，sorting, merging and intersection，可以在没有Unix管道的情况下一次性完成。工具下载和安装下载安装一气呵成：git clone https://github.com/lh3/bedtkcd bedtk && make查看使用手册：./bedtkUsage: bedtk Command: isec intersection (bedtools intersect) flt filter BED/VCF ………………………………