芯片代码实操（7）差异分析

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学习笔记总结于『生信技能树』马拉松课程 GEO数据挖掘系列，第14篇学习笔记：进行差异分析，得到deg差异基因，并为后续富集分析而补充些必要的数据 为了无缝衔接上一篇学习笔记，该文中的序号将接着上一篇来标注 6.获取差异基因deg，准备富集分析所需数据 本篇代码运行后将最终得到如图1所示的表格：①前六列是limma差异分析的输出结果；②后四列是为了画热图、火山图、做富集分析而补充上去的 图1 6.1前六列：差异分析 以下是二分组（实验组vs对照组）差异分析的固定步骤，且无需改动任何代码，只关注 deg 即可，不用管中间变量 design 和 fit rm(list = ls())  load(file =  "step2output.Rdata" ) #差异分析 library(limma) design = model.matrix(~Group) # 得到模型矩阵 fit = lmFit(exp,design) # 线性拟合 fit = eBayes(fit) # 贝叶斯检验 deg = topTable(fit,coef = 2,number = In ………………………………