专栏名称: 生信技能树
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工具不好用你完全可以自己写一个

生信技能树  · 公众号  ·  · 2024-11-27 10:39
    

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理论上处理10x技术的单细胞转录组数据应该是毫无悬念了,因为太大众了所以到处是教程。但有些时候会被作者不小心埋下的雷给坑一下,比如这个人类膀胱癌数据集GSE181294明明写的是 hromium Single Cell 3’ Library and Gel Bead Kit v2 (10X Genomics). 但是读取就会失败,让我们拆解一下这个过程。 数据集是:GSE181294  451K  5 12  2022 GSM6133917_S1.barcode.csv.gz   40M  5 12  2022 GSM6133917_S1.counts.mtx.gz   72K  5 12  2022 GSM6133917_S1.genes.csv.gz  462K  5 12  2022 GSM6133918_S2.barcode.csv.gz   46M  5 12  2022 GSM6133918_S2.counts.mtx.gz   72K  5 12  2022 GSM6133918_S2.genes.csv.gz   。。。。 让人工智能大模型进行文件解释: 10x Genomics平台进行单细胞RNA测序时,会生成几种特定格式的文件,每种文件包含不同类型的数据。以下是您提供的文件名及其含义的解释: **Barcode文件 ( .barcode.cs ………………………………

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