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PacBio的官方分析工具,以及其命令行版本

生信百科  · 公众号  · 医学  · 2017-11-04 14:53
SMRTLink 是个什么玩意SMRTLink是一个基于Web浏览器的端对端分析工具。他可以设计和监视测序过程,分析和管理测序数据。支持多方面的应用,比如:样本设置:在为Sequel平台准备DNA样本时,设计聚合酶结合和引物退火的protocol。测序设计:为Sequel平台测序导入样品信息,设计运行程序的各种参数。QC:监视测序过程,测序状态,和数据度量。数据管理:创建项目和数据集;管理用户权限;创建数据集的QC报告;导入序列文件以及条码文件。SMRTAnalysis:进行序列比对,变异分析,de novo组装以及RNA分析。安装要求可以看出SMRTLink对于服务器的计算性能要求是挺高的。就算进行一般的分析,偶尔进行de novo的组装,在计算节点上需要至少96个物理核,以及至少256G的运行内存 ………………………………

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