干货分享 | 怎么把样方数据计算成系统发育多样性

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写在前面 之前写材料的时候，老看见系统发育多样性，就在琢磨怎么把自己的样方数据也计算成系统发育多样性。本来想做一个自动化的注释表，但是想到大家使用的对比库不同，而且这部分工作也不难，就做成了手动的。 准备数据集 数据如下,主要是样方数据和注释表。样方数据就是自己调查的物种信息，重要值或丰度、生物量等类频度数据都可以。注释表就是标记每个物种的界门纲目科属种。小编已上传，文末下载。 直接开始计算 我们先读取样方数据和注释表即可 # 安装并加载必要的包 # install.packages( "ape" ) # 如果未安装 # install.packages( "vegan" ) # 如果未安装 # install.packages( "picante" ) # 如果未安装 library(ape) library(vegan) library(picante) # ----------------- # 1. 样方数据准备 # ----------------- # 样方数据（丰度或生物量） comm head(comm) # --------------- ………………………………