空转细胞生态位cell type niches：Nature杂志空间转录组文献分享（附代码和数据）

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昨天在学习一个空转的分析方法 mistyR 时： mistyR：空间转录组共定位分析 ，使用的示例数据来自 2022年8月10号发表在Nature杂志上的一篇文献，标题为 《Spatial multi-omic map of human myocardial infarction》 ， 这篇文献是一篇非常经典的空间转录组数据分析文章，里面包括了 空转的基础分析，以及 对细胞生态位（cell type niches）和分子生态位（molecular niche） 的介绍等，来看看~ 数据背景 来源于 31例人类心肌梗死样本组织（Human myocardial infarction），做了配套的 snRNA-seq、snATAC-seq 以及 spatial 转录组测序。共四个分组，如下： 4个非移植供体心脏作为对照； 具有坏死区域（缺血区和边界区）的组织样本：ischaemic zone and border zone； 急性心肌梗死患者未受影响的左心室心肌（远端区）：remote zone； 心肌梗死后晚期的9例人类心脏标本（纤维化区）：fibrotic zone。 空转示例 ………………………………