专栏名称: 生信钱同学
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为啥我一直找不到做空间基因组测序的啊,看来要借助这种算法推断了

生信钱同学  · 公众号  ·  · 2024-10-31 07:00
    

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一直想做空间层面的 全外显子组测序(WES),特别是FFPE样本的。看了很多文章中都是激光捕获显微切割(LCM)来实现,但是问了一圈公司,愣是没有人能做到,后面的微量建库是个难点,大家有没有人知道哪里能实现FFPE样本做LCM的WES的欢迎留言。 今天介绍的是上述挑战的替代技术,既然难实现,那咱们就算法推测。 在《Nature Communications》近期发表的一项研究中,Shafighi等人提出了一种名为“Tumoroscope”的新型概率模型,用于揭示肿瘤的空间和基因组异质性。该模型创新性 地结合了病理图像、全外显子组测序(WES)和空间转录组学(ST)数据,能够在接近单细胞的分辨率下准确推断癌症克隆的位置及其基因表达特征。 研究背景显示,肿瘤的异质性在癌症进展和治疗反应中扮演着重要角色。 然而, 目前现有技术在空间层面上精确定位癌症克隆仍存困 ………………………………

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