专栏名称: 生信百科
依托高校科研平台,面向生物信息科研工作者。生物信息学习资料;常见数据分析技巧、流程;公共数据库分享;科研思路分享;
今天看啥  ›  专栏  ›  生信百科

生物分子交互作用与cytoscape (二)

生信百科  · 公众号  · 医学  · 2017-09-25 10:46
同一时间,相约网络!输入raw data一个两列的tsv/txt文件足够了,这是构建网络需要的最少的信息,如果需要添加其他属性的话,只要加入其它列就够了。edge属性,2-4列都是对应边的一些属性,用于网络的可视化。node属性,用来添加节点的一些属性,表中2-3列都是第一列节点的属性。导入数据我们以version 3.3.0版本为例,打开后界面如下:导入界面,数据为RUAL.subset.edge.tsv文件,数据格式如右图所示。数据导入之后界面,最简单的格式就是三列,互作的基因id分别位于1,3列,互作的类型为中间一列。我们可以导入属性数据,比如ID的基因名字,可以在后面对ID进行替换。表格格式如图右所示。网络展示网络构型有很多种类型,比如:数据调整数据导入之后,就自动生 ………………………………

原文地址:访问原文地址
快照地址: 访问文章快照