#分子模拟#VMD粗粒化显示插件Bendix简单介绍

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VMD是一个分子可视化程序, 它采用三维图形技术以及内置脚本来对生物大分子体系进行展示, 动画制作和分析. VMD官方网站 http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/.其展示的蛋白非常漂亮，而且是免费软件，是与Pymol，UCSF Chimera齐名的可视化软件。但是粗粒化的显示效果不佳，好在可以在VMD 1.9.2以后自带的Bendix插件的帮助下显示非常美丽的粗粒化模型。 先一饱眼福粗粒化模拟做出来的图： 官方教程 这里对官方显示教程做一个简单的介绍： 首先下载官方示例包：http://sbcb.bioch.ox.ac.uk/Bendix/data/tutorial_files.zip 其中包含pdb文件（PDB ID：1PV7）和一个分析文件（pdb）以及一个分析轨迹文件（dcd） 1.VMD中一般螺旋表示 首先我们可以把背景设置为白色 VMD Main > Graphics > Colours ，选择 Display ………………………………