国自然申请 | 研究“蛋白与RNA互作”的几种经典技术以及注意事项

主要观点总结

本文主要介绍了蛋白与RNA互作的技术及相关注意事项，重点介绍了RNA pulldown、RIP-Seq、CLIP-Seq、RNA EMSA实验以及RNA与蛋白共定位等技术。同时，也强调了在线工具在预测RNA-蛋白互作时的局限性，以及在实际研究过程中需要注意的问题。

关键观点总结

关键观点1: 介绍蛋白与RNA互作的技术

重点介绍了RNA pulldown、RIP-Seq、CLIP-Seq、RNA EMSA实验以及RNA与蛋白共定位等技术的基本原理和流程。

关键观点2: 在线工具预测蛋白与RNA互作的局限性

大部分在线工具没有考虑到组织或细胞特异性，无法证明在特定研究背景下（如心肌细胞、巨噬细胞）的蛋白与RNA结合情况。

关键观点3: 研究过程中的注意事项

在研究过程中需要注意确认RNA与蛋白互作的多种方式，不能只依赖单一的实验技术；另外，后续验证实验也是必要的，如WB、PCR或qPCR等；同时，研究过程中还需要注意分组设置，如Input、IgG对照等。

文章预览

在前面 2 期内容中，我们分别梳理了蛋白 - 蛋白互作( 国自然申请|“蛋白-蛋白互作”的10种常用技术，让专家“眼前一亮”的技术来了！ )以及小分子药物与蛋白互作的技术( 国自然申请|“小分子药物-蛋白互作”的7种常用技术，让专家“眼前一亮”的技术来了！ )，今天我们来介绍总结 蛋白与 RNA 互作的技术以及相关注意事项 ，技术上我们重点介绍这几种经典的实验： RNA pulldown 、 RIP-Seq 、 CLIP-Seq 和 RNA EMSA 实验、 RNA 与蛋白共定位 。 说明： 1.   RNA 与蛋白互作可以从 RNA 和蛋白这两个角度展开。从 RNA 的角度来说： RNA 与蛋白的互作可用于解释 RNA 的稳定性变化、 RNA 翻译、 RNA 定位等过程，因此在进一步研究 RNA 与蛋白互作之前， 一般都要先确认 RNA 本身发生的这些改变，特别是有不少项目关注的是 RNA 修饰（比如 RNA m7G 等） ，然后再通过与之结合 ………………………………