NAR | 伯晓晨课题组基于可解释机器学习模型，探索转录因子调控的发育和演化规律

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作为生命的起点，受精卵蕴含着承载生命设计蓝图的遗传物质，在其发育分化为多细胞生物的过程中，遗传物质未发生改变，但发育形态却产生了巨大的变化。在物种的演化过程中，遗传物质指导基因表达进而控制物种间特异表现的性状，这一系列生命活动的背后是高度有序、精细的转录调控过程。转录因子（Transcription factor, TF）通过和顺式调控元件（Cis-regulatory elements, CREs）的相互作用来调控基因的时空表达，是转录调控过程的核心驱动因素。研究表明，胚胎发育和物种演化的大量差异表型不能仅用基因序列来解释，更多的是非编码区转录调控的结果。 在胚胎发育过程中，转录因子蛋白及其结合基序偏好性没有改变，但CREs的变化有助于调节发育可塑性。以往的研究发现转录因子在基因组中的分布并不均匀，转录因子结合位点（Transcription factor bin ………………………………