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monocle单样本拟时序分析

生信技能树  · 公众号  ·  · 2024-06-24 22:46
    

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0.背景知识 做拟时序分析是为了探索自己感兴趣的几种细胞之间的发育关系,一般不是用全部类型的细胞来做的。例如本例中选择了CD14和CD16单核细胞。 如果让ai来说拟时序的目的那就比我说的多: 拟时序分析(Pseudo-time analysis)是一种用于理解细胞状态和细胞命运变化的计算生物学方法。这种分析通常用于单细胞测序数据,其目的是重建细胞发育或疾病进程中的时间序列,即使实际的时间信息不可用。以下是进行拟时序分析的几个主要目的: 细胞状态推断 :通过分析单个细胞的基因表达模式,推断细胞在生物学过程中所处的状态。 细胞轨迹追踪 :重建细胞从一种状态转变到另一种状态的路径,这有助于理解细胞分化、发育或疾病进展的过程。 细胞命运预测 :预测细胞随时间可能采取的发育轨迹,尤其是在干细胞分化或癌症发展的研究中。 动 ………………………………

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