Nature子刊 | “交我算”助力上海交大医学院附属新华医院冯智星团队开发大规模挖掘纳米孔测序数据的关键算法LongBow

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导读 纳米孔测序技术凭借其长读长、可直接检测碱基修饰以及实时测序等优势，正在深刻改变生命科学与医学研究的格局。然而，在目前公开的超70万组数据中，约85%因缺乏关键元数据——特别是测序芯片类型与碱基识别配置信息——而成为难以有效利用的"僵尸数据"。 近日，上海交通大学医学院附属新华医院 冯智星团队 与复旦大学合作在自然·通讯 ( Nature Communications )上发表题为 Restoring flowcell type and basecaller configuration from FASTQ files of nanopore sequencing data 的研究成果。该研究开发的LongBow算法成功破解了“僵尸数据”难以有效利用的技术难题。该创新算法LongBow仅需通过FASTQ文件中的质量值（QV）即可精准还原测序芯片类型与碱基识别配置信息。经多类样本测试验证，LongBow的识别准确率超过95%。研究团队还同步构建了配套数据库LongBowDB，为科研人员提 ………………………………