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scATAC-seq数据分析除了经典的 Signac软件，还有一款也适用差多的软件 ArchR，官网给到你： https://www.archrproject.com/index.html 这个软件于 2021年2月25号发表在 Nature Genetics 杂志 上，文献标题为 《ArchR is a scalable software package for integrative single-cell chromatin accessibility analysis》 。作者认为 ArchR 是目前最全面且用户友好的单细胞ATAC-seq和多组学数据分析工具。开发团队将继续改进和扩展ArchR的功能，以保持其在该领域的领先地位。 大家看文章的通讯作者就知道是 ATAC-seq 这个领域的大佬了： William J. Greenleaf ArchR分析流程： 续上一篇： ATAC-seq领域超级大佬William J. Greenleaf团队开发的scATAC-seq分析软件：ArchR 加载环境 rm(list=ls()) library(ArchR) set.seed(1) addArchRThreads(threads = 60) ## Setting default number of Parallel threads to 1. addArchRGenome( "hg19" ) ## Setting default genome to Hg19. # addArchRGenome("hg
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