徐华强团队评测AlphaFold3的GPCR-配体复合物预测表现能力

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2024年12月6日，中国科学院上海药物研究所 徐华强 团队在 Acta Pharmacologica Sinica 发表了文章 AlphaFold3 versus experimental structures: Assessment of the accuracy in ligand-bound G protein-coupled receptors 。该 文章收集了AlphaFold3（AF3）发布后的GPCR-配体复合物实验结构，并从整体结构的准确性、口袋预测能力、复合物预测能力和可变区预测效果方面全面评估了AF3在GPCR-配体复合物方面的表现，评测结果显示AF3的预测和实验结构仍然存在很多差距, 该研究论文为进一步改进蛋白质结构预测工具提出了建议。 AF3于2024年5月发布，基于扩散模型提供了复合物从头建模的解决方案。在过去的半年中，已有多个相关工作复现了AF3的预测性能 （如Protenix、chai-1等） ，并开源代码供学术界使用。然而，AF3的预测表现尚缺乏在真实应用场景中的评估，特别是其新加入的配体预测模块。为此， ………………………………