日常吐槽

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一、写在前面 stereopy日常出bug(github issue里得有一半的问题是我提的，当然也有可能是因为我菜)，stereopy自己生成的anndata自己不能计算空间共现关系，还是靠squidpy才能计算。另外还要一些函数一开并行计算就报错，这里留一些stereopy对象的转换/输出方式，以备大家不(sui)时之(pao)需(lu)。更多空转教程可见： 空间转录组学习手册合辑 二、stereopy相关数据读写 Stereopy 是一个基础且全面的空间转录组分析工具，其支持空间高变基因计算、 RNA Velocity 、批次整合、 SingleR 注释、细胞通讯、基因调控网络、轨迹推断等基础/进阶分析。此外，针对多样本的数据， Stereopy 还支持 3D 细胞通讯、 3D 轨迹推断、 3D 基因调控网络等分析。学习下面的内容前需要大家先掌握python知识： 生信Python速查手册 文件读取、输出、转换： 1.1  GEM 与 GEF 格式文件 一共有 GEM 、 GEF 两 ………………………………