Gromacs教程2-水中的单个甲烷

系列教程往期回顾:Gromacs教程1-水原文：James (Wes) Barnett在本教程中，我将向您展示如何在一个盒子的TIP4PEW水中创建一个包含一个OPLS力场甲烷的系统。设置和以前一样，我们需要一个结构文件，一个拓扑文件和参数文件。我们将使用GROMACS工具gmx pdb2gmx从pdb文件生成拓扑。用pdb2gmx设置残基对于这个分子，我们将使用OPLS力场。 力场位于顶层力场目录（可能是 /usr/share/gromacs/top或类似的东西）。如果您不确定您的GROMACS安装位置在哪里，可以使用如下命令：$ echo $ GMXPREFIX如果您sourcing 了GROMACS配置文件，则会为您提供安装位置。在该目录中找到 share/gromacs/top并进入它（例如，如果GMXPREFIX是 /usr，则转到 /usr/share/gromacs/top）。或者你可以简单地转到 $GMXDATA/top。我们来看看force ………………………………