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为什么科学家无法告诉你吃什么才能不生病？听听Peter J. Turnbaugh的解释。
最近，一项关于食用红肉和加工肉类对健康有何影响的研究1，再次开启了一个存在已久的争论，即我们需要预先掌握哪些证据，才能告诉老百姓什么食物不能吃。这方面我有非常切身的体会。我们实验室的研究发现，食用肉类会改变人类和小鼠的肠道微生物组；经常也有人问我，吃肉是不是“对肠道微生物不好”。
我们的研究结果显示，食用肉类会促进细菌的生长，加剧小鼠模型的炎症性肠病，降低能代谢纤维的细菌水平2。不过，在肉类摄入方面，我们的人类和小鼠研究都存在时间较短、受到控制、条件极端的问题。这真的能反映摄入常规饮食的人类的情况吗？
以微生物组研究为基础，提出膳食建议，等于假设不同微生物群对健康的影响是有可能预测的，但其实这种预测距离真正实现还很远。即使是已经广泛深入研究了的机制，也会对人类健康产生目前尚不可知的影响。比方说，短链脂肪酸（SCFA）是细菌消化纤维的产物，对我们研究的细菌细胞和宿主细胞的多个组织和靶标都有影响。而且，所有短链脂肪酸不可一概而论，它们在碳水化合物和氨基酸发酵产物中的作用也未研究过，更不要说可以增强或抵消这些特定化合物影响的其它微生物代谢产物，种类繁多。因此，通过饮食增强短链脂肪酸，以预防代谢疾病和其他疾病的建议，纵然听起来很好，但这对微生物组的整体影响，以及它与宿主之间的复杂作用是很难预测的。
当前认知的另一个主要空白是，除了三大营养元素（脂肪、蛋白质和碳水化合物），我们的饮食对健康的作用会在多大程度上影响微生物组，或受到微生物组的调节。我们实验室的研究结果显示，生土豆对肠道微生物组的影响明显有别于熟土豆3。虽然烹饪对碳水化合物造成的改变，是产生这种差异的主要原因，但我们的数据还表明，植物的整体化学多样性也应被考虑在内。另有研究发现，肠道菌群可以让烹饪过程中产生的潜在有害化学物质失去活性4。这些结果表明，针对饮食与微生物组之间相互作用的研究，不仅需要考虑食物的组成，还要考虑食物的烹饪方式。
饮食和肠道微生物组的研究问题具有开放性，
