RNA Velocity and Beyond 系列2—Model

分享是一种态度时隔许久再次更新，本来想一口气写完模型部分还有参数估计部分，但是发现参数估计部分有点长，所以拆开写了。本文主要参考李铁军老师挂在 biorxiv 上的文章:Li, Tiejun, et al. "On the Mathematics of RNA Velocity I: Theoretical Analysis."bioRxiv(2020)本文首先描述这个过程的模型（也就是如果知道那些参数的情况下，mRNA 应该是怎么样的），然后说明怎么从已有的表达谱数据中估计这些参数。（本文只有最简单的利用 steady state 来估计） 这篇文章只讨论了确定性模型，没有从化学主方程的那种角度讨论，大概就相当于没有考虑这个离散性，不需要使用随机微分方程来刻画。建议对这部分感兴趣的读者可以自行看李铁军老师的文章。没看过前文的可以考虑先看前文 RNA Veloci ………………………………