前几天一直在和大家分享一些关于3'UTR以及3'UTR当中的APA(Alternative Polyadenylation, 选择性多聚腺苷酸化)的东西，为什么要话这么久的时间分享这些呢，主要还是看到了两篇利用TCGA数据来挖掘APA进行发文章的文献。而其中的一些东西，也是值得我们进行继续挖掘(发文章的)。
昨天介绍的是一篇泛癌的关于APA分析的文献，今天这篇热乎最新的发表在Genome Res(IF = 9.944)的文献则就是一篇单一肿瘤(胰腺导管腺癌)方面的数据分析加简单的实验的文章。
文章基本思路
这篇文献的基本思路，就是利用TCGA的数据和GTEx的数据合并来分析APA事件在胰腺导管癌(PDAC)当中的影响。另外呢。又加了一部分简单的实验就发了。具体的思路如下。至于为什么结合TCGA+GTEx可以参考
我们之前的那个帖子
。文章的具体思路如下。
具体结果
1. PDAC当中整体的APA事件反应
所有组学的数据第一步都一样，来整体反应数据的程度。这里作者首先确定了在癌和正常当中差异的APA事件，同时对差异的事件进行了基本概括。
既然分析的结果是这样的子，为了证明结果的准确性，作者首先对肿瘤的纯度和APA事件来进行分析，确定自己的做过的准确性。进一步的，基于实验来确定其中的一些分析当中存在APA事件的基因，在实验当中也是正确的。
2. PDAC当中APA时间的通路分析
对于存在差异的APA事件，作者没有进行全部的进行富集分析，而是先进行了一个无监督的聚类分析；通过聚类分析来给APA相关的基因进行分亚组。进一步的对差异的APA事件的基因进行了富集分析。通过富集分析发现APA事件和代谢等通路相关。
3. 代谢相关基因分析
由于确定了APA事件和代谢相关了。作者往下就详细分析了代谢相关基因和APA的关系。其中通过ALDOA和FLNA两个基因来说明具体的APA分布关系。
4. 预后相关分析
作者通过聚类进一步来寻找了和预后相关的APA事件。进而说明APA事件和疾病的预后也是有关系的。
5. APA和表达的关系
之前我们在综述当中也提到了3'UTR的变化有可能影响到基因的表达的变化，所以这里作者比较了APA和表达变化的关系。为了实验证实表达的变化，作者通过荧光素酶实验也来证实了其中表达和APA的关系。
6. APA介导的miRNA绑定位点和PDAC的关系
在上一部分APA和表达关系的分析当中，作者认为miRNA绑定的变化是导致基因表达变化的一个原因。所以接下来就来分析具体的APA位点的变化和miRNA绑定位点变化的关系。通过分析发现了一些差不多8个miRNA和APA有关同时通聚类也发现和预后有关。
7. CSNK1A1在PDAC当中的作用分析
通过分析作者发现了一个候选基因CSNK1A1，为了说明这个基因的作用。进行了一系列的基础实验(其实也是一些常规的基础实验)。
文章总结
以上就是这篇文章所有的结果了。这算是一篇基于单一肿瘤数据分析+实验的APA类别的文章吧。不过后来的功能实验好像也APA关系没那么大。。。亮点还是在于前面使用了TCGA+GTEx的扩大了正常样本的数据量来进行分析结果。
对于我们而言的话，TCGA和GTEx的原始数据都拿不上。。但是我们有别人使用这些数据发表的数据库文章。这样结合起来用就行的了。前提介绍的两个数据库，TC3A里面包括TCGA所有的肿瘤的APA分析结果。APAatlas则包括了GTEx所有的分析结果。但是由于TC3A的分析是基于DaPars2来分析的，而APAatlas是基于DaPars所以还是不能合并。那我们就可以使用昨天介绍的那个泛癌的TCGA的数据。这样分析结果的软件就一样了。但是对于APA处理后的数据再进行批次效应去除的话，效果好不好就不好说了。这个得看具体分析结果了。不过谁让自己没有原始数据呢。只能这么来了😂。
另外：高分文章好的地方在于啥都给，昨天的文章就给了所以泛癌的APA分析完的结果。这次这个，虽然没有给数据，但是提供了分析的R语言代码。虽然，这个文章的图也就那样。但是想要学习的话也可以参考一下代码。
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