获取msigdbr数据库中的基因集失败是什么原因？

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我们每月一期的生信马拉松授课群里有个学员在 做GSEA分析的时候报错，下载其中的基因集失败 ，报错如下： 来看看是怎么回事！ 要使用这个包，肯定还是需要对这个 msigdb 数据库有一定的背景知识了解，我们去官网看看现在都更新了哪些基因集合。 1、了解 msigdb 官网 官网地址：https://www.gsea-msigdb.org/gsea/msigdb/index.jsp 我们可以看到 2024 年这个数据库进行了一次大更新 ，将基因集合分成了人与小鼠两个物种，以前官网只有人类这个物种的基因集。并且 小鼠基因集在 2023 年发表在了 Nature Methods 上面 。从下面这个图，我们还可以看出上面图片中报错的 m8 类基因集是存在的。 点击 m8，我们可以看到这里包括了 233 个基因集合： 下载 Gene Symbols 的 gmt 格式下来并读入R中： library(clusterProfiler) library(org.Hs.eg.db) library(GSEABase) ## === HALLMARK通路富集 geneset "data ………………………………