Nature Biotechnology | 微生物世界的“隐形”居民普查：SingleM与San...

主要观点总结

本文介绍了研究人员开发的新工具SingleM和Sandpiper，用于解决宏基因组学中长期存在的对未知微生物系统性忽视的问题。通过独特的破案三部曲，SingleM能够识别出传统方法无法识别的微生物物种。而Sandpiper则利用云计算的强大算力，对全球公共数据库中的宏基因组样本进行了大规模分析，揭示了地球微生物组的真实面貌。这一发现表明，我们身边的“陌生人”远比想象中多。

关键观点总结

关键观点1: SingleM和Sandpiper的使用解决了宏基因组学中长期以来对未知微生物的系统性忽视问题。

传统的宏基因组分析工具在鉴定样本中的微生物“居民”时存在局限性，只能识别出已知的微生物。而SingleM和Sandpiper的结合使用，使我们能够更准确地识别出未知的微生物物种，从而更全面地了解地球微生物的多样性。

关键观点2: SingleM的破案三部曲提高了搜索效率并减少了偏见。

SingleM采用了一种独特的破案三部曲方法，通过聚焦于通用身份证即59个普遍存在的标记基因，以及从蛋白质层面进行比对和从头聚类，提高了搜索效率并减少了偏见。这种方法使我们能够更好地了解样本中的微生物群落结构。

关键观点3: Sandpiper网站提供了全球最大规模的微生物普查数据。

通过利用云计算的强大算力，Sandpiper分析了来自全球公共数据库中的大量宏基因组样本。这些数据揭示了我们对微生物多样性的了解还远远不足，大部分微生物都是我们不认识的“陌生人”。这一发现强调了我们对微生物世界的探索才刚刚开始。

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