如果你想在国自然或者文章中让组学结果炫酷一些，这个分析可能适合你……

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一般的组学实验设计是 2 组或者 3 组： 疾病 vs 正常 或者 实验 vs 对照组 ，当然另外一个比较常见的设计是 3 组： 对照组、模型组和药物处理组 （或者 模型 + 基因 干预组 ）。 找差异基因或者信号通路一直是大家感兴趣的主题，所以对于 3 组（对照组、模型组和药物处理组）实验设计来说，找差异基因默认的假说是这样的： 寻找在模型中升高而在药物处理组降低，或者相反趋势的基因或者通路。 所以比较常见的方法是： 分别比较模型组 vs 对照组的差异基因，以及药物处理组 vs 模型组的差异基因，然后取交集。 不过，有的时候 分组比较多（ 4 、 5 组甚至更多）的情况下这样组与组之间比较会非常麻烦，又或者分别找到差异基因再取交集的时候很难找到足够多的差异基因 ，这样就会遇到一个问题： 后续没有足够多的基因供挑选 。 这个时候就 ………………………………