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如何用MEGA作进化树(一)

小张聊科研  · 公众号  · 科研  · 2017-08-12 16:08
    

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听说MEGA可以作进化树,听说你还不会,这么巧,我正好会。 曾几何时,我们看着别人家的进化树这么好看,心里不由得也想自己制作一下, 周末教大家怎么绘制进化树吧。 首先,大家先把数据下载一下 示例文件名: species.fasta 下载链接: https://pan.baidu.com/s/1sk8JpYt   密码: hx5s species.fasta 部分序列截图 然后,构建进化树两步走 (1)序列比对 常见算法: Muscle、 ClustalW ①打开MEGA软件,这里以7.0版为例,依次按照箭头方向进行选择 ②序列比对 经以上步骤后弹出新的对话框:M7:Alignment Explorer 若没有显示我们的目标fasta文件,请注意修改这里的文件后缀名称 ③打开后的species.fasta文件 注意:重点来啦! ④然后呢?然后就比对好了,查看一下首位是否比对齐,没有比齐 ………………………………

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