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如何绘制漂亮的变异位点结构图?

SCIPainter  · 公众号  ·  · 2024-06-26 11:11
    

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前段时间,在一篇 Nature Communications 下图这样的序列位点结构图,觉得绘图很有挑战性!那么如何绘制类似下图这般好看的序列位点结构图呢? DOI: 10.1038/s41467-024-45975-9 这里推荐使用R包trackViewer进行绘制,功能非常强大,以下是我自己尝试绘制不同样式的效果。 01 绘制变异位点图 #安装所需的R包; if  (!require( "BiocManager" , quietly = TRUE))    install .packages( "BiocManager" ) BiocManager ::install( "trackViewer" ) #载入安装的R包; library (trackViewer) #创建测试数据1; SNP   < - c(10, 102, 106, 108, 400, 410, 420, 600, 700, 805) seq1   < - GRanges( "chr1" , IRanges(SNP, width=1, names=paste0( "snp" , SNP))) features   < - GRanges( "chr1" , IRanges(c(1, 261, 501),                                      width =c(80, 100, 330),                                      names =paste0( "block" , 1:3))) # ………………………………

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