scTCR+scRNA | APackOfTheClones - umap坐标下球形展示cellty...

主要观点总结

文章介绍了使用APackOfTheClones进行克隆型计数分布可视化的方法，包括载入R包、数据处理、scRepertoire可视化、APackOfTheClones可视化等步骤，并提到了关于颜色调整、factor顺序指定颜色等细节问题。

关键观点总结

关键观点1: APackOfTheClones可视化介绍

介绍了如何使用APackOfTheClones进行克隆型计数分布的可视化，包括载入R包、数据处理等步骤。

关键观点2: scRepertoire可视化

使用常规方式在umap图中展示cloneType的信息，包括颜色设置和DimPlot的使用。

关键观点3: T细胞亚群的注释和处理

提取出T细胞后，进行标准化流程处理，包括数据归一化、寻找可变特征、比例缩放、运行PCA、运行UMAP、寻找邻居和集群等步骤。

关键观点4: APackOfTheClones可视化的调整和美化

通过调整参数和颜色，对APackOfTheClones的可视化结果进行美化和优化，包括标签位置、数值、线型、着色等方面的调整。