ACS. Synth. Biol. | 基于扩散的生成模型用于从头设计启动子

今天为大家介绍的是来自华南理工大学崔巍团队的一篇论文。计算机辅助的启动子设计是合成启动子工程中的一大发展趋势。各种深度学习模型已被用来评估或筛选合成启动子，但关于从头设计启动子的研究还很少。为了探索生成模型在启动子设计中的潜力，作者在大肠杆菌中建立了一个基于扩散的生成模型。该模型完全由序列数据驱动，能够研究自然启动子的基本特征，从而生成在结构和组分上与自然启动子相似的合成启动子。作者还改进了FID指标的计算方法，使用卷积层来提取启动子序列的特征矩阵。得到的合成启动子的FID为1.37，这意味着合成启动子的分布与自然启动子类似。作者的工作为从头设计启动子提供了一种新的方法，这表明一个完全数据驱动的生成模型对于启动子设计是可行的。具有稳健和可预测活动的调控序列被加入合成流程中 ………………………………