基因组评估方法介绍

基因组组装评估    越来越多的动植物、细菌真菌的基因组被公布出来，目前对于De novo组装的基因在准确性方面的评估手段相对比较少，评估效果有的时候也并不是很理想。常用评估方法：1、组装指标Contig和Scaffold指标(这个在错连较少的情况下，越高越好)；2、二代数据或三代校正后的数据与基因组比对，通过Mapping率和覆盖度评估序列一致性，回比率越高组装效果越好；3、通过EST或转录组数据与基因组比对情况评估基因区的完整性。4、保守区域评估，常用的软件有BUSCO和CEGMA(这个之前发表的文章有详细介绍)。5、光学图谱、BAC序列或Hic数据也可以验证组装Contig的准确性。基于统计模型评估新方法    下面小编给大家介绍另外的一个评估组装错误的软件Combined E ………………………………