R tips：使用shiny和plotly获得umap图的点坐标

主要观点总结

文章介绍了如何从单细胞umap图中获取部分点的坐标，并对这些点进行后续操作。以Seruat的pbmc数据为例，文章详细描述了以下步骤：查看umap plot并确定需要获取点的位置，使用plotly手动绘制可交互的umap plot，通过shiny打开交互式umap plot并使用套索工具获取选区边界，在shiny页面圈选感兴趣的区域，读取套索选区并找到点坐标。

关键观点总结

关键观点1: 查看umap plot并确定需要获取点的位置

使用Seruat的pbmc数据，通过RunUMAP和DimPlot函数查看降维图，确定需要获取点的位置。

关键观点2: 使用plotly手动绘制可交互的umap plot

通过plotly库，将umap数据以散点图的形式呈现出来，可以交互式地查看数据点。

关键观点3: 使用shiny打开交互式umap plot并使用套索工具获取选区边界

借助shiny包将交互式umap plot打开，利用套索工具圈选感兴趣的区域，程序会自动将选区边界坐标导出到指定文件中。

关键观点4: 读取套索选区并找到点坐标

读取保存的套索选区文件，使用sp包计算所有在选区中的点，并在umap图中展示套索选区和选中的点。