PLEK：区分mRNA和lncRNA的工具

PLEK (predictor of long non-coding RNAs andmessenger RNAs based on an improved k-mer scheme) 计算mRNA和lncRNA两种转录本序列的k-mer频率，采用SVM构建分类器，来区分某序列是mRNA还是lncRNA。PLEK不依赖于序列比对或基因组信息。 PLEK与CNCI的比较PLEK与CNCI都有较高的准确性，在不同物种中，各有优劣。（以前的文章中介绍过CNCI了） 鲁棒性比较当转录本序列出现Indel测序错误时，错误率越高，CNCI的准确性越低，即鲁棒性较差，而CPC与PLEK的鲁棒性较好。准确性比较在已知的小鼠mRNA中，PLEK误判出了最多的lncRNA，CPC表现最好（图A）。在已知的lncRNA中，CNCI的误判率最低，PLEK紧随其后。不同方法各有优劣，没有特别突出的。运行比较由于支持多核计算，PLEK和CNCI的时间优势很明显，特别是PLEK。目 ………………………………