Gromacs教程1-水

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原文：James (Wes) Barnett  在本入门教程中，我将向您展示如何创建一个盒子的水，并在恒定的温度和压力下对其进行简单模拟。 最后我们会找出水的密度。 设置 每个GROMACS模拟需要三个基本文件：结构（.gro / .pdb），拓扑（.top）和参数（.mdp）。 结构文件包含系统中每个原子位点的笛卡尔坐标。 该拓扑文件包含有关每个原子位点与其他原子位点进行联系的信息，无论该位点是处于非键联系还是键联系。 这个信息由力场提供。 非键相互作用包括范德华相互作用和库仑相互作用。 键相互作用包括键长，角度和二面角。 参数文件包括运行模拟的时间，时间步长，温度和压力耦合等信息。下面我们将获取/创建这些文件。 在这一点上，我会建议创建一个目录来存储本教 ………………………………