三大肿瘤对照分析工具之2：strelka小陷阱

 Strelka概述Strelka是一款非常好用、准确性也非常高、速度又超快的肿瘤对照分析工具。相比MuTect2，Strelka有点凌波微步的感觉了。其原理为经典的贝叶斯算法。Canadian Bioinformatics Workshops官方用的即是此款软件。 WES/PANEL陷阱对于WGS、WES和ctDNA超深度测序，有个坑需要大家留意下，搭建流程多年的老手如果不细看官方文档，也容易掉进去，那就是strelka需要编辑下配置文件strelka_config_bwa_default.ini WGS：默认参数不变WES：设置第一个参数isSkipDepthFilters=1（默认0），表示不过滤测序深度（skip depth filtration），不设置的话，会漏掉许多许多变异，本人有过教训。ctDNA：设置第一个参数isSkipDepthFilters=1，第二个参数maxInputDepth = 30000（默认10000）  脚本介绍                 ………………………………