PacBio 下机数据的QC

当我们拿到下机数据后首先要做的就是数据质量控制，看看这批数据到底测的咋样？做到了这一点，我们才能在后续的数据分析中应对自如。本文主要介绍一个轻量级的QC工具stsPlots.R。stsPlots.R 的安装与使用stsPlots.R 是一个可视化测序统计结果的R脚本（只支持RS II），该脚本不需要安装，用法也很简单，是一个非常实用的小工具。依赖的包ggplot2reshape2plyr输入文件*.sts.csv （RS II下机数据中的统计文件）输出文件Pdf 文件，输出到csv 文件的同一目录下使用方式下载git clone https://github.com/PacificBiosciences/stsPlots.git运行Rscript stsPlots.R -file mxxxx.sts.csv结果解释图一，图二 查看测序芯片的整体测序质量，包括ReadScore 和Productivity。图一（ReadScore）中展示了有多少ZMW孔测出了可用的 ………………………………