生存分析：基因表达高低与疾病预后

文章预览

最近在分析一些肝癌的数据，发现了某个重要基因有显著变化，想继续分析一下，该基因的表达量高低与肝癌患者的生存期有没有关系。首先想到了生存分析，R包survival是个很好的工具。本来想尝试一下，就把这个结果放在正文中，投了个IF=4分的杂志（虽然本人不是一作），没想到文章被接收了。看来这个方法可行，与大家一起分享一下。 1）输入文件格式如下，time：患者存活时间，status：死或活，gene：某个基因的RPKM值。 2）读入文件 fdata names(fdata) 3）根据RPKM 的cutoff判断该基因是否高表达 fdata$gene 19600)*1) 这样之后，输入文件的最后一列就会变成两个因子：高于还是低于cutoff 4）计算P值，查看显著性 survdiff(Surv(time,status)~gene, data=fdata) 发现p=0.048，还可以接受， ………………………………