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Scbean——单细胞多组学分析的Python库

生信技能树  · 公众号  ·  · 2024-03-20 08:43
文章:Zhang, H., Wang, Y., Lian, B., Wang, Y., Li, X., Wang, T., ... & Hu, J. (2024). Scbean: a python library for single-cell multi-omics data analysis. Bioinformatics, btae053. https://academic.oup.com/bioinformatics/advance-article/doi/10.1093/bioinformatics/btae053/7593744地址:https://github.com/jhu99/scbean 以及 https://pypi.org/project/scbean/首先需要明确的是,单细胞数据中存在配对和非配对数据。所谓配对指的是直接相关的数据集,进行比较的细胞来自相同的实验条件、时间点或个体,并且不同数据集中的细胞之间存在直接的关系,比如分析干扰前后细胞的变化。非配对的意思就是比较来自不同条件或组的细胞特征,以识别差异或相似性。目前针对两种类型,开发了很多方法:For unpaired data:Seurat v3 (Stuart et al., 2019), LIGER (Welch et al., 2019), along with its enhanced versions like iNMF (Gao et al., 2021), VIPCCA (Hu et al., 2022a), DAVAE (Hu et ………………………………

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