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免疫治疗思路太复杂,学都学不会,烦死了

生信人  · 公众号  · 生物  · 2021-01-22 07:47
上周我们推广过一个免疫治疗会一直火的文章,后台很多粉丝留言,这个思路太复杂,学都学不会,烦死了。于是今天我们直接整理成生信可执行方案,bia给你们。有兴趣找我们做分析的,定制更为详尽执行方案零、下载TCGA、GEO相关数据集,选择TCGA数据做为训练集数据一、对训练集数据非负矩阵拆分(NMF),提取 agene factor matrix W of (n genes × k factors)。二、ssGSEA筛选免疫相关的NMF factors。三、选择top150基因进行 NMFConsensus聚类 分组为immune and non-immune类。四、利用NTP对immune-group二次聚类分为 immune-suppressed and immune-activated subtypes。免疫相关分为:免疫激活,免疫抑制两个亚型。(分析中聚类情况会进行调整)五、模型效应评估(训练集)(1)三个聚类组和TIL、CNV、TMB相关性 ………………………………

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